Toiduainete mikrobioloogia on üks olulisemaid rakendusmikrobioloogia harusid, mis hõlmab nii toiduainete ohutu tootmise, säilitamise ja toiduainete riknemise problemaatikat kui ka mikroobse fermentatsiooni abil erinevate toiduainete ja jookide tootmist. Naturaalsete toiduainete töötlemisel kasutatakse erinevaid mikroorganisme, lähtudes nende ensümaatilistest omadustest ja ainevahetusradade tüüpidest, ning saavutatakse nii toiduainete parem säilimine kui ka toidulaua rikastamine uute toodetega. Toit, mida me sööme, on harva steriilne, sest sisaldab mikroobide kooslust, mis sõltub sellest, millised organismid sinna pääsevad, millised jäävad ellu ja kuidas nad teatud aja jooksul toidus teineteist vastastikku mõjutavad. Mikroorganismide esinemine toidus on tingitud tooraine normaalmikrofloorast, tooraine ning toidu käitlemisel lisanduvatest ja/või lisatavatest mikroorganismidest. Toidule lisatavad mikroorganismid on olulised nii toodete valmistamise tehnoloogilistel protsessidel kui ka inimese tervisele.
Millest sõltub toidus esinevate mikroorganismide kooslus ja arvukus?
Tänapäeval ei peaks toit sisaldama ainult organismi elutegevuseks hädavajalikke, n-ö toitvaid aineid, vaid ka komponente, mis peavad kaitsma sööjat tõsiste krooniliste haiguste, nagu südame-veresoonkonna haigused, vähktõbi, rasvumine jne, eest ning parandama üldist elukvaliteeti. Sellest tingituna on viimasel aastakümnel toiduteaduses ülikiirelt arenema hakanud toidu funktsionaallisanditega seonduv suund. Toodete valmistamisel rakendatavaid tehnoloogilisi protsesse nimetatakse biotehnoloogilisteks protsessideks, kus põhitähelepanu on suunatud mikroorganismidele ning nende ensüümidele. Toiduainete töötlemisel kasutatakse erinevaid mikroorganisme lähtuvalt nende ensümaatilistest omadustest ja ainevahetusradade tüüpidest. Sellega saavutatakse toiduainete parem säilimine ja toidulaua rikastamine uute toodetega.
Ebasoovitavate mikroobide kasv ja areng toidus võib põhjustada nii majanduslikke probleeme kui ka ohtu tarbija tervisele. Toiduainete riknemist ja inimeste haigestumist põhjustav mikrofloora satub toitu enamasti algtootmise ja -töötlemise ning toiduainete käitlemise käigus põllult koristamisel, loomade/lindude farmis kasvatamisel ja algtöötlemisel, toodete pakendamisel ja ladustamisel ning turustamisel. Erinevate mikroorganismide arvukus toidus sõltub toorme kvaliteedist, toidu koostisest, töötlemisest, säilitamise tingimustest ja mikroorganismide omadustest ning ettevõtte enesekontrolli süsteemi efektiivsusest.
Peame silmas pidama, et mikroorganismid ei kutsuks esile toiduainete kiiret riknemist, ei põhjustaks inimeste haigestumist ja ei vähendaks oluliselt toidu toitainelist väärtust.